Sisomar AS ble stiftet for første gang i 1985. Selskapet ble etablert av Elkem AS( 50% ) sammen med 25 matfiskprodusenter i Nordland ( 50% ). Etableringen baserte seg på smoltproduksjon av meget høy kvalitet i samsvar med markedets behov samt utnyttelse av energivann fra Elkem AS.

Eierstrukturen i selskapet har endret seg flere ganger opp i gjennom årene. I 1995 solgte Elkem AS og flere av matfiskprodusentene sine aksjer i selskapet og Sisomar AS var fra og med 1995 eid av 7 personer med tilknytning til oppdrettsnæringen. I 2000 ble Sisomar AS solgt til Fjord Seafood Norway men også her skulle eierskapet vise seg å bli av relativ kort varighet.

I november 2004 kjøpte ansatte på settefiskanlegget tilbake Sisomar fra Fjord Seafood AS. Dette ble gjort i samarbeid med to private investorer og tre matfiskprodusenter, Eidsfjord Sjøfarm AS, Lofoten Sjøprodukter AS, og AS Aqua. Sørfold kommune og AL Sørfold kraftlag var også svært behjelpelig i denne prosessen.
 
I februar 2007 kjøpte Eidsfjord Sjøfarm AS(42%), Lofoten Sjøprodukter AS(42%) og AS Aqua(16%) alle aksjene i Sisomar AS og står nå som eiere av selskapet.
 
Sisomar AS er i en fase hvor anlegget fortløpende moderniseres og effektiviseres for å kunne produsere mest mulig effektivt og forsvarlig både med hensyn til gjeldende lovverk og med hensyn til biologi og økonomi.
Produklsjonskapasiteten er i dag på ca 2,5 mill. smolt. Etter endt ombygging / modernisering  i 2014 vil produksjonen være på 6 mill. smolt.